Из Библии. В Ветхом Завете (Исход, гл. 26, ст. 33-34) говорится о "Святом святых", означающем ту часть Иерусалимского храма, куда мог входить только первосвященник и только однажды в год.
Иносказательно: сокровенное, тайное, недоступное для непосвященных.